JENDELATOTO menjalin berbagai kerja sama strategis dengan institusi nasional dan internasional, seperti Universiti Sultan Azlan Shah Malaysia, International Islamic University Malaysia (IIUM), Zarqa University Jordan, serta lembaga dalam negeri seperti Bank Indonesia Sibolga dan BAZNAS. Kerja sama ini bertujuan untuk memperluas jaringan, meningkatkan kualitas kegiatan, dan memberikan manfaat lebih bagi mahasiswa.